患者出現胃腸神經紊亂，通常需采用綜合治療。因導致胃腸神經功能紊亂的因素較多，大腦與胃腸功能間存在密切關系，存在相互調節的機制，稱為腦長軸。若僅調節胃腸功能可能不夠，治療中樞神經功能紊亂可能患者需進行心理疏導，應用調節神經遞質的藥物，如抗焦慮、抗抑郁藥物等。患者應到綜合醫院神經內科、心理咨詢門診及精神專科，進行相應咨詢與調整。同時還可應用調節胃腸功能的藥物，如調節動力藥物曲美布汀、得舒特等進行綜合治療。胃腸道功能受大腦中樞神經系統、胃腸神經系統及自主神經系統調節，胃腸道功能通過神經遞質、神經內分泌基質與大腦間存在交互影響，所以出現胃腸神經功能紊亂，可能由于大腦神經功能紊亂導致。大腦神經功能紊亂也受較多因素影響，因為人類有高級情感及智能活動，周圍環境、社會環境均會對中樞神經系統產生較多影響。如長期處于緊張氛圍中、經常感覺到壓力、睡眠功能不佳、焦慮、抑郁或生長發育過程中周圍環境、家人對患者的影響等，均可能會影響到中樞神經功能的健康。