肛門內隱隱作痛具有較多原因導致，包括肛周感染性疾病、痔瘡、炎癥疾病，具體如下：1、肛周感染性疾病：如肛周膿腫、肛瘺、肛裂等，肛周可出現隱痛；2、痔瘡：尤其血栓性痔，痔瘡屬于常見肛周疾病，由于肛下段或肛管周圍靜脈曲張，導致血管炎病變，屬于團狀血管靜脈。若血管中出現血栓，便形成血栓性痔，特點為局部疼痛、包塊。治療主要以保守治療為主，通過減少攝入辣椒、酒精等刺激性食物，保持大便通暢，同時配合應用痔瘡藥物，即可自行緩解；3、炎癥疾病：包括肛瘺、肛周膿腫等，通常需進行切開引流，尤其肛瘺較難自行愈合，將漏管完整切開，使新生肉芽組織由內向外生成，進而漏管痊愈，肛門內疼痛感可逐漸緩解。