正常狀態下其實幽門螺桿菌是陰性，所以如果檢測報告，無論是尿素酶試驗還是呼氣試驗、糞便抗原、血清學檢測，如果報告陰性應該都是正常現象。但是關鍵陰性結果是否正確，還是假陰性。幽門螺桿菌的檢測可能會受到方法學的影響、疾病狀態的影響、檢測時機的影響以及藥物的影響。 從方法學里面受到一定限制，所以陰性有時是假陰性。尤其是進口試劑盒，反而不適用中國人群的檢測。另外尿素酶檢測，假陰性也非常多。在我國尿素酶檢測沒有非常好、非常穩定的試劑盒，所以用胃黏膜的標本進行尿素酶檢測，假陰性率發生非常普遍。呼氣試驗也會出現假陰性，如在檢測之前1個月內服用過抗生素、鉍劑，在檢測之前2周內服用過強抑酸藥，如奧美拉唑、雷貝拉唑等，也都會影響檢測結果。