幽門螺桿菌檢查陰性，理論上說明沒有幽門螺桿菌感染。但是有時幽門螺桿菌陰性有可能是假陰性，所以在臨床上應該排除檢測出現假陰性的情況。如果儀器設備或試劑有問題，需要在一定的溫度下，一定的反應時間內，才可以顯示出真正的結果。所以在臨床上做尿素酶試驗，在冬天時環境溫度很低的情況下，反應時間需要更長，如果反應時間不夠，可能就會出現假陰性的結果。 另外，也與進行檢測時所處的時機有關，如近期吃過抗生素或吃過鉍劑，甚至強的抑酸藥，這些藥物會影響到細菌檢測。這時胃內的細菌實際上并沒有清除，而是被這些藥物給抑制，所以檢測會出現假陰性的結果。對于萎縮性胃炎的病人細菌負荷會非常少，比較低的情況下也會出現假陰性，這時需要再重復進行檢測。