腸道包括大腸和小腸，大腸可以選擇腸鏡，即結腸鏡，還可以選擇鋇劑灌腸，為間接影像方法。此外還有膠囊結腸鏡，通過服用膠囊，膠囊兩端帶有攝像頭，可以幫助更好的觀察結腸情況。腸壁病變通過影像學檢查，比如CT，也可以幫助判斷腸壁有無占位性病變、炎癥的腸壁水腫、全層水腫，通過CT均可以反映出。小腸在檢查方式的選擇上，目前常用的無創檢查方法，包括膠囊小腸鏡，即服用1粒膠囊，之后隨著膠囊在小腸內蠕動，可以完整拍攝小腸黏膜的照片。這種觀察不受人為控制，會隨小腸而自然蠕動。另外還有小腸鏡，包括單氣囊及雙氣囊小腸鏡，由醫生和護士配合進行完成檢查，可以控制小腸鏡到哪個階段，并對病變進行取活檢，甚至進行進一步治療。