艾灸的方法較多，在過去直接將艾絨放在身體皮膚上點燃，現在此種方法已逐漸淘汰，因為會引起瘢痕。在過去還有瘢痕灸，但現在也極少使用。現階段臨床上主要采用懸灸，即點燃艾條后對著皮膚大概1寸的距離灸，體感溫度覺得合適即可，根據自身感覺調節艾灸距離，以1寸為度，不宜低于1寸。 艾灸點完以后在燃燒的火頭附近會有很多灰，如果有灰包圍，溫度就會降低，可能離的很近都不會覺得熱，這時候就需要將煙灰彈掉，露出紅顏色的火頭，此時艾灸的熱度即可非常充分。艾灸時可以在治療部位懸灸，也可以來回畫圈灸，稱為回旋灸。 此外，也可使用艾灸盒固定在身體的軀干位置，然后將艾條塞到上面的洞中，不影響患者活動，或者使用比較大的艾灸盒，患者可以躺在床上，將艾灸盒放在腹部，放在中脘胃的位置或者放在腰骶部位進行艾灸。