體外沖擊波碎石的治療，是泌尿系統結石治療的一個重要組成部分，具有創傷小、可以在門診進行的優點，所以臨床上廣泛用于泌尿系統結石的治療。雖然是一個微創的治療手段，但并非完全無創，也存在一些問題，可能會對身體造成危害。1、結石問題：經過碎石以后，患者在排石的過程當中可能會出現腎絞痛癥狀。這是由于結石向外移出刺激管壁所造成，其他就是結石殘留和結石復發的問題，尤其最嚴重的就是石階的形成。石階形成的原因通常在于結石粉碎過程中過大，而且在適應證的選擇上面，腎結石或者是輸尿管結石過大造成。結石越大，發生石階的可能性就越高，鹿角形結石術后發生石階的概率可以高達40%；2、感染問題：當碎石以后，可能會合并感染，出現菌血癥甚至膿毒血癥。因此在治療過程中要積極監測患者的情況，要予以強有力的抗生素治療；3、腎臟損傷問題：腎臟損傷可以表現為局部挫傷、包膜下的血腫、腎臟的破裂傷、局部的纖維化、瘢痕形成等影響到腎臟的功能，與沖擊波碎石的應力效應和空化效應有關系。在治療過程中，需要注意觀察患者的局部情況；4、心血管問題：較少見，有嚴重心臟病的患者不建議行體外沖擊波碎石治療；5、消化系統器官問題：在沖擊波治療過程當中，可能會對消化系統的器官形成影響，比如對肝臟、脾臟等鄰近器官產生影響，可能會出現相應的癥狀。也有報道認為可以引起高血壓和糖尿病，但是目前缺乏大樣本的資料來證實這樣的假說。