雖然體外沖擊波碎石是微創治療結石的辦法，但也有一定的并發癥，如腎臟損傷，腎臟損傷后形成瘢痕化，可以導致局部腎單位缺失。常見腎臟損傷包括腎實質損傷、腎包膜下血腫、腎盂裂傷、局部腎單位缺失以及完全性腎乳頭壞死等，甚至發生急性腎功能衰竭。碎石治療造成腎損傷的原因，主要是沖擊波的空化效應和應力效應，主要損傷血管組織，所以部分高危患者，如有凝血功能障礙或者口服抗血小板、抗凝藥物的患者會出現腎損傷。降低沖擊波的次數、頻次和能量，會降低碎石引起的腎臟并發癥。多數情況下腎臟損傷經過保守處理能夠控制，對于較大的血腫，穩定后可以行穿刺抽取血腫。如果存在腎臟裂傷，要考慮行急診動脈栓塞或者急診手術，急診手術可以行腎臟部分切除或者全腎切除。對于尿液外滲較輕的患者，保證尿液引流通暢即可，較嚴重的患者必要時進行穿刺抽取外滲尿液，同時給予抗感染治療。