自身免疫性腦炎預后良好，80%左右抗NMDA抗體腦炎患者功能恢復良好。具體情況如下： 1、早期接受免疫治療和非重癥患者預后比較好； 2、重癥抗NMDA受體腦炎患者平均重癥監護病房治療大約是1-2個月，病死率在2.9%-9.5%左右，少數患者完全康復需要2年以上； 3、抗LGE抗體相關腦炎患者病死率大約是6%； 4、抗GABAR抗體相關腦炎合并小細胞肺癌，預后較差； 5、部分自身免疫性腦炎，患者在癥狀好轉或者病情穩定2個月后重新出現癥狀或者癥狀加重視為病情復發。抗NMDA受體腦炎復發率大約12%-31.4%，可單次復發或者多次復發，復發間隔一般是平均5個月； 6、腫瘤陰性和沒有應用二線免疫治療或者長療程免疫治療患者，其復發率比較高。