扁平疣的治療方法較多，包括激光、冷凍、火針、光動力治療、溫熱療法、藥物口服、外用藥物等等一系列物理或者藥物治療方案。醫生要根據扁平疣患者皮損發生部位、數目、顏色、患者治療欲望及經濟條件等等，針對不同個體選擇不同治療方案，甚至多種方案聯合治療。 因此臨床醫生應與患者進行充分溝通交流，包括患者治療效果、治療療程，以及治療失敗或者復發可能性。許多扁平疣的治療都需要較長時間或是多次就診，并且療效不一，所以扁平疣的治療一定是個體化的治療方案。