真菌性角膜炎的治療藥物，眼科常見商品制劑是氟康唑滴眼液和0.5%的那他霉素滴眼液。氟康唑是臨床上廣泛應用的廣譜抗、高效安全的三唑類藥物。因為臨床需要真菌的耐藥率比較高，各種醫院常根據藥物的敏感試驗配置了其它抗真菌的眼藥水，比如多烯類藥物是目前抗真菌像絲狀真菌、酵母菌活性最高的藥物，如兩性霉素B滴眼液，還有伏立康唑滴眼液、克霉唑軟膏等局部的眼藥水和眼膏。 眼科還常用口服藥物，氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑等，還有增進抗真菌的、抗真菌的針劑，像氟康唑注射液，伏立康唑注射液，臨床上面都能達到比較好的效果。真菌性角膜炎禁止用糖皮質激素，環孢素FK506也可以作為抗真菌用藥。