拉肚子醫學上稱為腹瀉，如果腹瀉程度比較輕，黃連素可以發揮良好的抗炎、止瀉作用。黃連素主要的有效成分是小檗堿，小檗堿有較好的抑菌、殺菌作用。當腹瀉、腸道內有炎癥存在時，服用黃連素有助于炎癥的控制，對于腹瀉癥狀能夠有所控制，能夠促進炎癥的消退。小檗堿還有較多其他的生理學作用，如能夠提高免疫，對于腸道黏膜的免疫也有一定增強作用。所以當有腹瀉或者是有腸炎時，服用黃連素以后，除能夠直接抑菌作用以外，還能夠改善腸黏膜屏障的免疫功能。從上述作用機制來看，對腹瀉也有一定的治療作用。小檗堿還是具有多種生物學活性的一種成分，對于腸黏膜的修復、腸黏膜功能的恢復，均有一定作用。所以在腹瀉時，如果腹瀉程度較輕，服用黃連素有較好的治療作用。