強直性脊柱炎疼痛分早期和晚期，早期強直性脊柱炎是因為疾病本身的炎癥性疼痛，即炎性腰背痛，特點是早上起來疼或后半夜疼，后半夜可疼醒、翻身費勁，晨僵在活動后可減輕，且會出現外周關節如膝關節、踝關節的炎癥，炎癥性疼痛在患者靜止時候也會發生，和機械性疼痛不同。 晚期疼痛包括骨贅形成患者活動受限，磨損引起的疼痛或骨質疏松時出現靜息性疼痛，骨橋骨折會出現較劇烈的疼痛。強直性脊柱炎患者還可合并纖維肌痛綜合征，纖維肌痛綜合征多與心理因素有關，大概5%-10%的患者合并纖維肌痛綜合征，疼痛和強直性脊柱炎的物理損害關系不大，和患者情緒、精神因素、休息睡眠、性格有關，需心理科或風濕病科醫生干預或行藥物治療。