頭孢克肟和阿莫西林的區別，在于抗菌藥物類別、成分、結構和抗菌譜等方面有所區別，因此適應癥有所區別，用藥禁忌、注意事項以及某些不良反應等方面有所區別，具體如下：1、頭孢克肟：該藥物屬于頭孢類抗菌藥物，屬于頭孢類抗菌藥物中的頭孢三代，適用于治療對頭孢克肟敏感的某些細菌感染，包括鏈球菌屬、肺炎球菌屬、大腸桿菌、克雷伯菌以及流感桿菌等一系列細菌感染，如果對于頭孢克肟敏感細菌引起的感染癥狀，均可選用該藥物進行治療；2、阿莫西林：該藥物屬于青霉素類抗菌藥物，屬于廣譜半合成青霉素，殺菌作用較強，也屬于口服抗菌藥物。阿莫西林和頭孢克肟相比，在用藥前必須進行皮試，因為青霉素類抗菌藥物，有可能引起患者發生嚴重過敏性休克，所以在用藥前必須進行皮試反應，如果是皮試陰性才可以使用。總之無論是頭孢克肟還是阿莫西林，作為抗菌藥物，均必須在醫生指導下合理使用而避免濫用抗菌藥物。