無痛胃鏡屬于侵入性檢查，所以受檢者可能會存在痛苦。目前在麻醉的條件下進行胃鏡檢查屬于無痛、舒適的過程，但麻醉存在風險。無痛胃鏡檢查前需要禁食禁水4-6個小時，如果受檢者偷喝水再做檢查比較容易發生誤吸或誤嗆。 因此，所謂的無痛胃鏡風險、創傷，主要還是在于麻醉的意外方面，患者如果遵循醫囑均可以避免。此外，還有的患者對麻醉藥物存在過敏反應，但發生率極低。 檢查前麻醉醫生需要對患者的心功能、肺功能及相關其他的疾病史有所了解。而從胃鏡的整個操作而言，消化科醫生通常可以將風險降低。