理論上做胃鏡沒有傷害。醫生技術不嫻熟情況下，經常將鏡頭觸碰到黏膜，或者反復快速旋轉、拉伸時會造成黏膜傷害。 患者需要活檢時，活檢鉗鉗住組織后要迅速拉出，此時傷害小。如果動作慢，會造成黏膜拉傷、撕脫傷。如果時技術不嫻熟，尤其是在咽喉入口位置，患者不配合情況下，經常會有惡心、入鏡困難等情況。此時醫生暴力插入胃鏡時，對食道入口有傷害。患者會感覺到做完胃鏡以后咽喉部疼痛，甚至少數患者會吐血。