不管是年輕人還是老年人，做胃鏡檢查均有一定程度的潛在傷害，但幾率非常低。對于大部分人而言，胃鏡檢查時會出現惡心、嘔吐，甚至劇烈嘔吐。部分患者還可能引起食管黏膜損傷、賁門黏膜撕裂，產生嘔血的情況。對于冠心病患者，特別是老年冠心病患者，可能會誘發急性心肌梗死，甚至心肺意外。 假如部分患者發現胃內病變，還需取病理，可能會出現出血不止的并發癥。對于以前有顳下頜關節脫臼病史的患者，做胃鏡時要張大嘴，可能會出現顳下頜關節脫臼，還可能出現喉頭痙攣、咳嗽、腹脹的情況。另外，穿孔是胃鏡檢查較嚴重的并發癥，通常發生部位在食管下段、咽喉部梨狀窩、胃或者十二指腸球降交界處，一旦發生穿孔建議即刻手術治療。