引起牙周膿腫的原因較多，多由炎癥所造成。常見的情況，比如牙周炎的患者，牙周炎沒有得到及時治療，在抵抗力下降時細菌毒性增加，在牙周袋內部出現牙周膿腫；另一種情況，比如鑲完烤瓷牙，烤瓷牙邊上的一些粘接劑沒有完全去除干凈，刺激到牙周組織，也有可能會發生牙周膿腫；一些患者是牙周與牙髓的聯合病變，牙根與牙周組織中都有貫通性炎癥。如果沒有進行根管治療，只是進行牙周治療，或者兩者都沒有進行治療，牙根里的細菌就會溢出到牙周組織，引起牙周組織膿腫；還有比如臨床上較常見的智齒埋伏阻生，智齒長出了一點，它的周圍會包著一圈牙肉，這些牙肉中很容易造成食物和菌斑的堆積，抵抗力下降的時候也會出現牙周膿腫；還有一部分患者是糖尿病患者并發牙周炎，這些患者他本身的抵抗力比較低，也會出現牙周膿腫。