深的牙周袋內，內壁的化膿性炎癥向深部結締組織擴展，而膿液無法排除，這時可以形成袋壁軟組織內的膿腫。由于袋壁曲折，涉及到多個牙面的深層的牙周袋，膿性的滲出物不能順利引流，特別是累及到根分叉區，潔治或者刮治時，動作粗暴，將牙結石碎片和細菌推入牙周袋深部組織或損傷牙齦組織，牙周袋的刮治術不徹底，導致牙周袋袋口緊縮，但牙周袋底部的炎癥仍然存在，沒有得到很好的引流。 牙髓治療時，根管或髓室壁側穿，牙根折裂等，有時也可以引起牙周膿腫，機體抵抗力下降，或者是有嚴重的全身疾病，如糖尿病，容易發生牙周膿腫。對多發性和復發性牙周膿腫的患者應注意排除糖尿病的可能性，獨立較強的牙周致病微生物在牙周袋內定植增殖，可使感染加重或者是擴散。