肛瘺是感染性疾病，因為肛腺感染以后與肛門周圍皮膚相通，最后會形成纖維化竇道。肛瘺幾乎無法自愈，必須經過手術將感染原、感染的竇道全部切除、清理干凈，最后才可能得到治愈。 當然部分病人，即潛在的病人長期沒有癥狀，而在沒有癥狀的時候可以考慮不進行手術治療，但是也可將其理解為定時炸彈，可能隨時再發生像肛周膿腫這種比較急性的炎癥情況。此時再做手術可能會導致損傷的增加、手術風險增加，所以建議一旦發現肛瘺應盡快進行手術。