原發性肝癌最早、最常見的轉移部位是肝內轉移。惡性腫瘤轉移的途徑包括血行轉移、淋巴轉移、遠處播散、種植轉移等。在臨床上，有些患者肝內多發的肝癌結節，首先是一個結節，通過肝內轉移引起多發轉移。原發性肝癌常引起遠處轉移的部位是肺部以及骨骼，經常會看到肝癌患者在查CT的時候，肺上有明顯的轉移灶，或者骨頭上常見的部位是腰椎以及股骨，腦部也有可能出現轉移。對于部分患者，還可能發生種植性轉移。