乳酸菌和益生菌是兩種不同命名方式的菌群。乳酸菌是以細菌代謝之后是否產生乳酸來命名，細菌將葡萄糖或者乳糖代謝，可產生乳酸，這類細菌就稱為乳酸菌。益生菌取決于它是否對人體有好處或有致病作用等角度來命名，把人體腸道內存在的對于人體正常食物、藥物代謝有作用的有益細菌稱為益生菌。 很多乳酸菌本身就是益生菌，比如雙歧桿菌或者腸鏈球菌，它們是乳酸菌，能代謝生成乳酸，同時對人體而言較為有益，是必不可少的共生的有益菌，也是益生菌。 目前市面上看到的活菌制劑多由益生菌組成，其中就有不少乳酸菌，比如雙歧桿菌、腸鏈球菌等。