腎結核的原發灶大多數在肺臟，即繼發于肺結核，也可以繼發于消化道結核、骨結核。如果是肺結核、消化道結核或者骨結核，結核菌可以進入血液，沿著血液到達腎臟的皮質，形成較小結核灶：1、抵抗力比較強：如果病人抵抗力比較強，腎皮質的血流很豐富，結核灶就會被清除；2、抵抗力比較弱：如果病人出現免疫力低下，比如腫瘤的病人或者應用免疫制劑的病人，結核灶會容易發展。結核灶在腎臟皮質內生長較慢，髓質含氧量比較低，更適合結核生長。結核一旦進入腎臟髓質，就會在腎髓質長大，突破腎盂壁到達腎盂內，病人可以出現血尿(鏡下血尿或者肉眼血尿)。如果結核灶沿輸尿管下行，到達膀胱可以形成膀胱結核，膀胱結核可以導致病人出現肉眼血尿，而且肉眼血尿一般是終末期血尿。