膽管囊腫嚴重與否主要取決于是否合并嚴重感染，具體如下：一、嚴重：1、感染性改變：膽管囊腫確診建議進行手術治療，主要是因為膽管囊腫屬于先天性疾病，先天性膽管囊腫在長期反復感染的過程中，可能引起嚴重的感染性改變，比如出現畏冷、寒戰、高熱，嚴重者甚至引起感染性休克，出現生命危險；2、膽管癌：如果長期不處理，在反復感染的過程中可能誘發膽管突變，導致膽管癌的發生，因此針對先天性膽管囊腫，一定要及早給予手術治療。二、不嚴重：一些早期的情況下，如果積極給予手術治療，這時不屬于嚴重情況。因此，膽管囊腫嚴重與否主要取決于是否有相應的嚴重并發癥。如果僅是單純的先天性膽管囊腫，采取積極采取手術治療，并不是非常嚴重的問題。