兒童存在自我保護、自我調節(jié)能力，不會出現嚴重菌群失調。除非是應用較長時間抗感染藥物治療或其它疾病免疫功能缺陷兒童，可能會出現菌群失調。一般單純性腹瀉或呼吸道疾病應用抗生素治療之后，兒童出現菌群失調，3-5天時間可以恢復。可以給兒童服用3-5天益生菌，幫助盡快恢復。但是臨床不建議兒童服用較長時間益生菌調整腸道菌群失衡。 大部分家長認為兒童在新生兒期間出現哭鬧，可能存在腸痙攣由菌群失調引起，給兒童服用益生菌。實際不建議3個月以下兒童服用益生菌，可能會干擾正常腸道菌群建立，不一定提供較好幫助。