菌群失調不用藥恢復的時間，根據菌群失調的嚴重程度而定。如果只是輕度的菌群失調，可能1-2周便能恢復。抗生素本身有殺菌的作用，但服用抗生素后，對腸道的正常菌群也會有干擾，也會導致菌群失調。部分患者在使用抗生素時，便可以看到出現大便不成形甚至腹瀉，但停用抗生素1周后，癥狀便能緩解。但是如果嚴重的菌群失調，可以導致不致病的細菌產生致病作用，如合并難辨梭狀芽孢桿菌，可以導致偽膜性腸炎。不光是腹瀉，可能還會出現便血、黏液便，此時不用藥可能很難自行恢復。難辨梭狀芽孢桿菌感染，此時通常需要用甲硝唑10-14天，如果甲硝唑效果不佳，可能需要用萬古霉素治療。所以，對于既往沒有慢性病、體質比較好的菌群失調的患者，可能1周甚至2周就能恢復；但是如果菌群失調比較嚴重，合并偽膜性腸炎即難辨梭菌感染，或既往有糖尿病、老弱患者，可能單純不用藥不可行，需要用藥物治療或補充益生菌，才能真正恢復。