胃腸炎最常見的病因是細菌或病毒引起的感染，還有一部分是理化因素引起，所以頭孢類藥物可能僅對比較敏感的細菌感染引起的胃腸炎有效，而對物理、化學因素及病毒感染引起的胃腸炎不敏感。常見的細菌因素包括沙門氏菌、志賀桿菌、傷寒桿菌等，病毒因素包括輪狀病毒、諾瓦克病毒等，對于病毒感染，頭孢類藥物一般沒有任何作用，對于不敏感的細菌，如痢疾桿菌引起的急性腸胃炎，頭孢類藥物也可能沒有太多效果。急性胃腸炎的治療除抗細菌治療外，還需其它的綜合治療，如補液支持、補充電解質等，這些相關治療必不可少。