頭孢氨芐膠囊在孕期可以服用。患者在孕期可以選擇頭孢類抗生素，其中包括頭孢氨芐，也包括更常選擇的頭孢克肟。患者在孕期有時會有發燒、感染表現，有時繼發于感冒表現為咳嗽、咳黃痰、發熱。此時要給予抗感染治療，有時甚至會繼發肺炎，更要進行抗感染治療。抗感染治療可以選擇口服抗感染藥，比如頭孢氨芐、頭孢克洛。對于情況比較嚴重的患者也可以選擇靜脈抗生素抗感染治療，目前多選擇頭孢曲松等頭孢類抗生素。此外有些抗生素在孕期不可以使用，比如四環素或者喹諾酮類抗生素，對胚胎有潛在的不良影響，有時甚至會增加胎兒畸形的發生率，但頭孢類抗生素、阿奇霉素等在孕期可以使用。