自閉癥常有注意力不集中、活動過多、動作刻板古怪等臨床表現，因此也常會誤認為是多動癥。多動癥和自閉癥之間差別比較明顯，自閉癥發病率遠低于多動癥，在千名兒童當中，發病也不過只有2-3個，而且男性比女性多，癥狀顯現相對比較早。自閉癥患兒從小與父母之間沒有明顯親近表現，缺乏情感交往，喜歡獨處，不合群，言語也比較少，對部分非生物東西有著特殊依戀。患兒在語言相對較呆板，吐字不清，甚至不會說話，動作刻板離奇，而且經常會反復重復動作，比如嘴巴抽動、聳肩等，對外界刺激也比較麻木，一般不聽勸說，上述特征和多動癥也有著較大區別。 自閉癥患兒智力明顯低下，而多動癥兒童智力基本上正常或者稍微偏低。治療方面，一般多動癥兒童選擇多動癥藥物，治療后癥狀會有得到明顯改善，而自閉癥兒童選用多動癥藥物無效，這一點也可以用于兩者鑒別。自閉癥可能會發展為嚴重精神障礙，類似精神分裂癥，而多動癥兒童雖然可能合并部分精神方面異常，但一般不會發展到精神分裂癥的嚴重程度。