皰疹性咽峽炎和急性扁桃體炎在病因、臨床表現、治療，以及預后上都有不同。1、皰疹性咽峽炎：皰疹性咽峽炎是由腸道病毒感染引起，有較強的傳染性，主要好發于兒童。皰疹性咽峽炎的臨床表現主要是咽痛、發熱、咽峽部皰疹，以及潰瘍，其具有較強的傳染性，需要隔離治療，并對患兒的玩具和餐具都要進行消毒。皰疹性咽峽炎是自限性疾病，病程大約在1周，主要治療是對癥及支持治療，沒有特異性治療，要預防繼發的病毒細菌感染，其預后較好；2、扁桃體發炎：主要是由于細菌感染引起，少部分是由病毒感染引起，有一定的傳染性。主要臨床表現是咽痛、發熱、畏寒、精神差、乏力、扁桃體紅腫，部分患者扁桃體還可見有膿性分泌物。治療主要是抗炎治療，如果治療不徹底或者反復感染，有可能轉變為慢性扁桃體炎。急性炎癥控制不好，還有可能會發展為急性扁周炎。