黏液表皮樣癌主要以手術治療為主，應該在盡可能保存正常功能情況下進行原發灶徹底切除，即把腫瘤擴大切除干凈。黏液表皮樣癌對放射線以往認為敏感度較差，單純放療可能較難根治，但放療作為術后輔助治療手段可以明顯提高預后，較單純手術切除5年生存率提高40%。 高分化黏液表皮樣癌應該盡量保留面神經。面神經對患者生活質量存在較大幫助，如果腫瘤距離面神經較近，或腫瘤已經累及面神經，術后放療可以將手術殘留腫瘤細胞殺滅。另外低分化黏液表皮樣癌若出現神經與腫瘤緊密粘連，或發現神經已經穿入腫瘤，均選擇犧牲面神經。但是近年隨著理念改變，認為保留面神經較為重要，術后結合部分放療或放射性粒子植入，腫瘤治愈效果較好，因此更多考慮保留面神經，結合術后放療。