咽拭子主要是利用一個比較長的棉棒，即咽拭子，其采集步驟一般首先就是讓受檢者張開嘴，必要時可以用壓舌板將舌頭壓下，然后用咽拭子深入到咽后壁，通常可以在扁桃體的兩側、表面，以及懸雍垂后的鼻咽后壁上進行摩擦、擦拭，通常就可以完成咽拭子取樣過程。取樣過程當中，受檢者會有輕微的惡心、不適，但一般咽拭子采集過程很迅速，通常幾秒鐘就可以完成操作。所以這種不適一般都可以耐受，問題不大，沒有明顯的疼痛。有的受檢者如果咽反射比較敏感，可以在采拭前4-6個小時盡量的避免進食，以免引起嘔吐。但這種情況一般沒關系，問題不大，不至于導致明顯的惡心、嘔吐。所以咽拭子采集相對簡單，受檢者也不用過分擔心，按照醫生操作就可以。