咽拭子主要采集咽后壁、軟腭和扁桃體表面的分泌物。新型冠狀病毒感染的患者中，分泌物常見于咽部或者鼻咽部，故目前采集得比較多的是咽拭子。咽拭子采集主要在咽喉壁、軟腭和扁桃體的表面進行涂擦，再進行檢測。如果由于患者軟腭肥厚，或舌體過高，而引起咽喉壁暴露不好，可采用壓舌板，壓住舌頭的前1/3，在患者配合的情況下進行采集。只要動作輕柔，患者不會有任何不適。咽拭子采集時，通常由于患者配合不好，或操作時動作過于粗魯，導致患者出現不適，但這類情況可避免。