乙肝病毒治療的最佳時期，是出現乙肝病毒的再激活。治療的最佳時期看臨床的患者檢查。如果乙肝病毒感染者在定期的體檢當中，發現出現轉氨酶的升高，意味著乙肝的免疫耐受狀態平衡被打破，這時是治療乙肝的最佳的時期。治療乙肝當中，首先取決于選擇的藥物，目前的根愈性的乙肝藥物，正在研制階段。現在的所有的藥物主要就是抑制乙肝病毒的復制，達到肝臟功能的復償，延緩疾病的進展，從而提高患者的生命質量，是治療的核心宗旨。選擇藥物來講，常見有兩大類，一大類是干擾素類，第二大類是核苷酸類似物藥。具體選擇什么的藥物是取決于病人的基本的狀態，是年齡、病變的程度以及基礎的基本狀態。從衛生經濟學角度判斷，這方面選擇藥的原則，選擇強效的、低耐藥的、副反應小的藥物進行長期的治療。所以來講乙肝病毒的治療的最佳時期，是在出現乙肝病毒再激活，人體的肝臟功能處于異常狀態當中，可以進行治療的最佳的時期。