乙肝抗病毒治療包括干擾素、口服藥物即核苷類藥物。干擾素包括長效干擾素與普通干擾素，副作用較大，常見發燒、乏力、肌肉酸痛等流感樣癥狀。干擾素還可以造成骨髓一過性抑制，引起白細胞、血小板下降。其它較少見副作用為抑郁、精神障礙、間質性肺炎、腎病等。 口服核苷酸藥物副作用相對較小，常見副作用為腎臟副作用，可以引起低磷、低鈣血癥，導致骨質破壞，所以口服核苷類藥物的患者需定期檢查肝腎功能。