三九胃泰是中成藥，奧美拉唑是化學藥物，只有對癥使用后，才會發揮藥物的療效，所以不能單純判定哪個藥好那個藥不好。三九胃泰作為中成藥，是一個復方制劑，它的藥物組成了包括三丫苦、九里香、兩面針、木香、黃芩、茯苓、地黃、白芍等，功效與作用是清熱燥濕、行氣活血、柔肝止痛，用于治療像濕熱內蘊、氣滯血瘀所導致的胃痛，癥狀伴見有皖腹隱隱疼痛、惡心、嘔吐，吞酸以及嘈雜、不思飲食。對于淺表性胃炎、糜爛性胃炎，還有萎縮性胃炎見上述證候者，可以對癥選用三九胃泰治療。奧美拉唑主要適用于胃潰瘍、十二指腸潰瘍、胃食管反流、卓-艾二氏綜合征等，奧美拉唑如果和克拉霉素、阿莫西林聯合使用，還可以用于治療幽門螺桿菌的感染。奧美拉唑能夠通過選擇性抑制胃壁細胞的氫-鉀ATP酶，阻斷胃酸分泌的最后一個步驟。