奧美拉唑和泮托拉唑都屬于質子泵抑制劑，都是屬于抑酸藥，所以治療的適應證相同。主要區別是由于作用于細胞上的靶點不同，所以二者作用的時效性也有所不同，而且2個藥物的代謝途徑不同，所以藥物之間的相互作用也存在不同。相比較而言，泮托拉唑的作用時間，即其持續的抑酸時間要比奧美拉唑要長，所以在治療酸相關性胃病時，有時候奧美拉唑需要1天2次的用藥，而泮托拉唑的用藥往往提示1天只需要1次。由于二者的代謝途徑不同，奧美拉唑是經過肝臟p450酶的代謝，所以如果其他藥物也是通過肝酶代謝，2個藥物之間就會互相影響，奧美拉唑有可能就會減弱其他藥物的作用。而泮托拉唑的代謝途徑不同，不通過肝臟的p450酶的代謝，所以對這類藥物的影響相對要少。所以在心血管科，如果患者同時合并治療心臟的藥物，比如抗血小板的這類藥物，這時候可以選擇泮托拉唑，對藥物的影響小，從而不影響其他藥物的作用。