熬夜以后兩邊腎有點痛的原因需要區分不同的器官和組織造成的異常，因為腎區不但有腎臟，還有皮膚、腰肌、骨骼、皮膚，也會出現異常，如蚊蟲叮咬、蜂窩組織炎、帶狀皰疹，也可出現不適感覺或疼痛感覺，但熬夜時出現以上情況的可能性不大，因此熬夜兩邊腎有點痛的原因一般如下：1、腰椎問題：腰肌出現異常常見于腰肌勞損，熬夜時可能加重。熬夜時出現腰肌勞損，造成腰部不適、腰部疼痛的可能性比較大，另外椎間盤突出和骨質增生在熬夜、體位改變時也可能加重；2、腎臟問題：腎臟病變需排除皮膚、肌肉、骨骼病變之后才能確定，腎臟出現感染、結石、出血、積血的情況，在熬夜特別是勞累以后容易發作，從而引起雙側腎臟出現疼痛的感覺。在所有的引起腰部疼痛的原因當中，腰肌勞損、椎間盤突出、骨質增生的可能性最大，尤其是椎間盤突出和腰肌勞損，在熬夜特別是勞累以后的發病率較高。