結核性腦膜炎的治療周期，比一般肺結核與其它部位結核均長。初治結核即首次治療的結核性腦膜炎，一般常規選用四聯方案，包括異煙肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺，異煙肼可加量。復治結核性腦膜炎，即既往不規則治療或治愈后復發結核性腦膜炎，醫生通常根據以往用藥史和藥敏試驗選藥。重癥難治性結核性腦膜炎，需要在常規方案基礎上加用阿米卡星、左氧氟沙星、莫西沙星、利奈唑胺等二線抗結核藥物，療程適當延長。 耐藥結核性腦膜炎，需要按照耐藥結核病的化療方案治療。由于治療療程和藥物具有個性化，因此藥物及療程均需要根據患者病情輕重程度、對藥物耐受性和治療效果調整。患者應該在醫生指導下用藥，定期復查忌停藥，不可隨意更換方案及療程。