常見坐著肛門痛的原因有以下幾點：1、肛門疾病：包含肛周有感染、肛竇炎、肛周膿腫、肛瘺，有此類疾病時，坐著肛門會有疼痛。觀察如果有疼痛伴有肛門周圍存在小眼且有分泌物、小疙瘩，考慮可能是肛瘺。如果大便時比較疼，解完大便后還疼，坐著也疼，考慮肛裂以及肛周炎，應該去結直腸肛門外科或肛腸外科簡單的進行肛門周圍檢查，必要時做肛門鏡的檢查，能夠明確診斷；2、直腸和周圍病變：比如直腸腫瘤、直腸末端腫瘤、直腸炎癥，可以通過肛門鏡的檢查診斷；3、神經官能性疼痛：檢查沒有疾病，只有感覺坐著肛門疼，考慮神經官能性疼痛，未有特效治療方法，需要自我調理。