新生兒進行磁共振檢查最大的問題是不能配合，所以對新生兒進行磁共振檢查一般情況下需要進行鎮靜，可選擇水合氯醛灌腸、肌注鎮靜藥等方式。主要目的是使小兒進入深度睡眠，順利完成十幾分鐘的檢查，保證不影響整個磁共振的圖像質量。 此外，磁共振沒有任何輻射，對孩子不會造成任何損傷。所以最難解決的問題仍然是如何能夠使孩子在深睡眠的狀態下完成十幾分鐘的磁共振掃描檢查。