肺炎衣原體感染導致的肺部感染治療方法，與支原體卡他莫拉菌、流感嗜血桿菌、軍團菌感染相同。通常臨床首選大環內酯類藥物，如紅霉素、羅紅霉素、克拉霉素、阿奇霉素，通常依據肺炎衣原體導致感染的嚴重程度選擇口服或靜脈用藥。多數肺炎衣原體導致感染的患者臨床全身炎癥反應不重，有高熱、白細胞增多、C反應蛋白增高，但臨床表現為咳嗽、咳痰或少量黏痰。如果衣原體肺炎面積不大，沒有明顯的胸悶、氣急，可以首選口服大環內酯藥，如果較為嚴重，尤其肺部面積較大，可以選擇靜脈注射大環內酯類抗生素類，只有紅霉素、阿奇霉素有靜脈制劑。此外成年人可以選擇喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星、莫西沙星，可以選擇口服，對于重癥患者直接進行靜脈注射。任何抗感染治療的同時，都要協同解痙平喘、止咳化痰，應多喝水、多休息，避免辛辣食物以及理化因素的刺激。