衣原體感染嚴重，衣原體包括肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體，沙眼衣原體和牛衣原體。約50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原體感染所致，沙眼衣原體體積較小，介于細菌和病毒之間，通常會寄生在細胞內，對細胞內組織破壞較嚴重。沙眼衣原體可以引起性病性淋巴肉芽腫，易導致女性發生盆腔炎、宮頸炎以及導致孕婦早產、流產。沙眼衣原體還可以感染嬰兒，導致嬰兒出現沙眼體、沙眼衣原體眼炎、沙眼衣原體性肺炎。沙眼衣原體感染還易導致男性出現尿道炎，病人出現衣原體性尿道炎時會出現尿道刺痛、刺癢、尿道口分泌物以及尿道綜合征，病人會出現尿道發熱、尿頻、尿急、尿痛、排尿不盡癥狀。沙眼衣原體感染嚴重，通常會導致男性和女性不育，導致男性附睪發炎，出現沙眼衣原體性附睪炎，導致男性睪丸生精功能障礙，導致精子活率下降，影響生育功能。