小兒急性腦膜炎常見并發癥有腦室膜炎、硬膜下積液以及腦積水等，而上述并發癥均需經過特殊儀器或者特殊穿刺檢查才能確認。 當發生以上并發癥時，治療會更加復雜，如腦視網膜炎治療的療程會比普通化膿性腦膜炎時間長，而硬膜下積液可能需要進行特殊穿刺才能解決問題。至于腦積水要看腦積水發生嚴重程度，如果長期不能緩解，可能還需采用手術方法引流腦脊液，才能夠得到較好的療效。