克羅恩的病理表現比較復雜，有幾個典型病理表現： 1、裂性樣潰瘍，這種裂性樣的潰瘍像溝壑一樣從腸道黏膜層深達腸道肌層，表現為像一個溝壑，因此叫裂性樣的潰瘍； 2、透壁炎癥，炎癥可以從黏膜層累及黏膜下層，甚至黏膜肌層，一直到漿膜層； 3、非干酪樣肉芽腫，與結核鑒別，結核常常表現為干酪樣肉芽腫，而克羅恩病表現為非干酪樣肉芽腫； 4、克羅恩病的典型表現是幽門有化生。 除了這四種常見的典型特征以外，還有其它非特異性表現，如隱窩炎、隱窩膿腫、漿細胞以及淋巴細胞浸潤，這些都是非特異性表現。因此單憑腸道病理表現并不能診斷克羅恩病，還要結合臨床常見表現來共同診斷。