夜里肩膀酸痛，主要原因如下：1、肩周炎、肩袖損傷：容易產生夜里肩部疼痛，常見于50歲以上、年齡偏大的老年人，有時疼痛還較為劇烈；2、頸椎因素：頸椎的椎間盤突出，可能產生肩膀酸痛感覺，特別是勞累時。若患者原本存在椎間盤突出，且工作較累，或伏案使用電腦、看手機較多，此時夜里肩膀也容易出現酸痛，有時還存在手麻等癥狀；3、肩膀局部炎癥或腫瘤：也可以產生夜里肩膀酸痛的感覺，但概率較低。