幽門螺桿菌的檢查主要有血清學檢查、糞便檢查以及尿素呼氣試驗檢查，在進行檢查之前首先要確定近期沒有吃過抗生素、鉍劑以及強制酸藥，包括對幽門螺桿菌有抑制作用的中藥，這些藥應該至少停用一個月。如果是強制酸藥，也可以停用兩周，然后才可以進行檢查。 在臨床上做呼氣試驗來檢測幽門螺桿菌的非常多，做呼氣試驗檢查時，首先要空腹，因為進食以后，胃里面的食物不能保證做呼氣試驗時吃的碳13，或碳14膠囊的尿素和胃黏膜存在的細菌能夠有很好的接觸，所以可能會出現假陰性的結果。另外，做呼氣試驗之前或在等待檢查的過程中，應該盡量避免運動，尤其是劇烈運動，因為過快的運動會增加黏膜血流，會增加胃排空，也會出現假陰性。另外，在做呼氣試驗吹氣時，尤其是服用藥物第二次吹氣時，有的病人可能會深吸一口氣，然后再去吹氣，這時也會影響到檢測的呼氣值，還有吹氣的袋子漏氣也會影響檢測結果，這些都是在進行幽門螺桿菌檢查的過程中應該注意的事情。