胃腸鏡檢查主要使用靜脈全身麻醉。不使用半麻的原因，在某些情況如胃鏡基本上經口進行，半麻基本不能阻滯指定區域，而且胃腸鏡手術的疼痛感并不強烈，主要是經過喉部時出現不適感，如惡心、嘔吐等。這種不適感需要用全麻藥進行阻滯，有些進行腸滯，進入肝區、脾區時，在腸內注射二氧化碳氣后，可能對病人造成一定影響。這部分影響主要表現在胃部不適感，主要為胃痛，因此，半麻不能阻滯該區域，需要使用全身麻醉。因為全麻后，病人不會出現不適感，可以較為舒適的接受操作以及手術，因此，在胃腸鏡檢查過程中主要使用靜脈麻醉藥進行操作，保留病人的自主呼吸，盡量減少疼痛以及減少不適感。