感染按病原體的類型分類，比較常見的是細菌感染、病毒感染、支原體、衣原體等微生物感染，廣義上還包括寄生蟲感染，這些屬于感染性疾病。引起泌尿系感染比較常見的是細菌感染，有革蘭氏陰性桿菌中的大腸桿菌，還有革蘭氏陽性菌屬中的腸球菌、葡萄球菌屬。除此之外也會有病毒感染，比如肝炎、病毒性肺炎等，支原體、衣原體感染也會導致呼吸道、泌尿道、生殖系統感染，同時還包括寄生蟲病。