食道潰瘍所要服用的藥物要依據病因進行選擇，不同病因用藥選擇不同，具體如下：1、胃酸反流：屬于常見導致食道潰瘍的原因，要用抑酸加保護黏膜的藥物，如質子泵抑制劑類的抑酸藥物，如雷貝拉唑、泮托拉唑、奧美拉唑等，保護胃黏膜的藥物如鋁碳酸鎂、鋁鎂加、替普瑞酮等。通過治療后食道潰瘍可以得到緩解，甚至完全愈合；2、食道結核：需要標準地進行抗結核治療，而且要足療程使用，才能使食道潰瘍愈合；3、克羅恩病：某些克羅恩病患者以食道潰瘍為主要臨床表現，此時藥物選擇要針對克羅恩病，不同病期或不同病情所選擇的藥物不同，如可以選擇美沙拉嗪之類藥物，激素、免疫制劑、生物制劑等藥物也可以進行選擇。